本校內部稽核之流程，依《輔仁大學內部稽核實施辦法》及《輔仁大學內部稽核實施作業細則》辦理。
一、稽核計畫之重點
（一）稽核室研擬稽核計畫時應蒐集之資料，以及權責單位通知或交付之義務。
（二）年度稽核計畫陳報行政副校長審核、校長核定。
（三）年度稽核計畫經行政副校長審核、校長核定後之資訊公開程序。
二、稽核準備之重點
（一）執行稽核前應通知受稽單位之事項，以及受稽單位配合義務。
（二）如有實施實地稽核或邀請相關單位列席必要之程序。
三、稽核執行之重點
（一）稽核人員之迴避。
（二）稽核人員調閱稽核所需資料之程序。
（三）受稽單位意見陳述。
（四）稽核調查之完成與稽核總結會議。
四、稽核報告之重點
（一）稽核報告之製作與完成程序，以及相關資料保存義務。
（二）稽核報告完成後送陳行政副校長、校長核閱及交付監察人查閱程序。
（三）補充稽核之要件與實施程序。
五、追蹤稽核之重點
（一）稽核報告完成後，通知受稽單位或相關單位檢討改善之機制，與實施追蹤稽核之要件。
（二）實施追蹤稽核之程序。